合理轮作的目的，不仅可以减轻病虫害的发生，还可以为肥料的合理施用打下基础。不同的蔬菜品种，其根系对土壤不同层次养分的利用也不同，例如南瓜、西瓜、牛蒡、山药等可利用较深层次的养分，大白菜、萝卜、番茄、辣椒等可利用较浅层次的养分，黄瓜、大蒜、菠菜、小白菜可利用的层次就更浅些。另外，不同的蔬菜品种，其对土壤中不同养分的需求利用也不同，如在轮作中安排一些芥菜、豌豆等，能吸收利用一般蔬菜所不能利用的磷、钾营养状态。另外还可充分利用豆科植物的固氮特性，在轮作计划中安排一季豆科蔬菜。
菜田耕作层普遍较浅是新改造和垦殖有机菜田土壤的一个问题，这必然会影响到蔬菜根系的生长发育，造成蔬菜发棵差以及早衰的不良后果，且由于耕层浅，土壤营养库及贮水库容积受到限制，供肥能力和抗灾能力降低。应逐年加深耕层，直至20厘米以上，在增加有机肥料的条件下，每隔一年可以进行深秋翻转，加速土壤熟化，消除旱地的犁底。耕作次数和深度应根据土地适当，对土层较浅的漏水漏肥地宜深耕，对肥力较高且疏松的菜田宜少耕，以减少水土流失和养分淋失。同时，在灌溉时要保证肥料施用时的肥水同步和肥料施用后最佳效果期的肥水同步，充分发挥水肥交互效应。
蔬菜品种对养分的需求不同，施肥时，含氮比例高、肥效较快的有机肥料如腐熟的沼液等应优先安排给叶菜类，而含钾较丰富的有机肥料如窑灰、草木灰等应优先安排给生长后期仍对钾需求较多的茄果类。作物在不同生长时期的需肥特性也有不同，如苗期为培育壮苗，苗床应施用含磷高的肥料；基肥一般施用养分全面、肥效稳定的肥料，但对生育期短的品种而言，还应加一些速效性肥料；进入旺盛生长阶段，一般施用速效肥料，但也应有所区别，有的施用含氮高的肥料即可，有的还需要补充一定的钾养分。
有机肥是指含有丰富有机质的肥料，多由动植物残体、动物排泄物为原料堆积而成，因此又称农家肥。有机肥含有丰富的有机物和各种营养元素，具有数量大、来源广、养分全面等优点，也同时存在脏、臭、不卫生，养分含量低、肥效慢、使用不方便等缺点。因此，了解常见有机肥料的特性及无害化处理方法，对于有机蔬菜科学施肥至关重要。
