1、生物菌肥含有大量的生物菌，通过生物菌的活动，不但可以改善土壤的理化性状，提高土壤有机质的含量，而且具有解钾、释磷、固氮的功能。当生物菌肥施入土壤后，生物菌快速增殖，形成优势群体并分解土壤中被固定的无法被植物所吸收利用的氮、磷、钾等营养元素，同时固定空气中游离的氮，供植物吸收利用。
2、有益微生物在代谢过程中释放出大量的无机、有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，改善土壤养分供应情况、通气状况及疏松程度，提高土壤肥力。
生物菌肥中的部分菌种具有分泌抗菌素和多种活性酶的功能，能够抑制或杀死病菌，从而增强作物的抗逆、抗病能力，降低作物病虫害发生概率。
1、生物菌肥中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌可降低植物体内硝酸盐含量（20%以上）以及重金属含量，同时可使果实中维生素C含量提高30%以上，可溶性糖提高2-4度。
2、生物菌肥中的乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌可提高果实中必需氨基酸（赖氨酸和蛋氨酸）、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量，同时可以改善果实口感，增强果实的耐储藏能力，提高果实的商品价值。
生物菌在土壤中的增殖代谢过程中能产生赤霉素及其它活性物质等内源激素，可调节作物生长，且不会对作物产生副作用。
生物菌肥本身无毒、无残留，且能分解土壤中残留的化肥、农药，同时可溶解污水灌溉后残留的重金属，避免对下一茬作物造成伤害。
