1、拌种、浸种
（1）拌种：把微生物菌剂用少量清水稀释，将种子放入其中混合均匀后放置在阴凉处晾晒。
（2）浸种：把微生物菌剂用少量清水稀释，将种子放置到其中浸泡约6-12个小时后播种。拌种和浸种可以用于果树砧木的育苗。
2、蘸根、灌根
（1）蘸根：把微生物菌剂用少量清水稀释，将洗去根部营养土的幼苗根部浸入到稀释液中，使其充分沾上菌液。
（2）灌根：将经过蘸根的幼苗进行栽培，之后用剩余的菌液对其进行灌根培如。
3、基肥
（1）基肥可以与农家肥一起施用，效果更好，采用靠近根部埋施的方法进行施用。
（2）深根性果树的施用深度应为40-60cm，而浅根性果树的施用深度应为30-40cm（根部果树根系长势适量增减深度）。
（3）一般一棵果树使用0.5-1kg左右的菌剂即可（根据果树的大小适量增减用量），将其均匀撒入挖好的坑中，然后覆土掩盖浇透水。
1、使用微生物菌剂时要注意避免和杀菌剂、杀虫剂等药物混用；忌在光照较强的时候使用微生物菌剂；忌微生物菌剂过期后仍然继续使用。
2、避免高温干旱或雨天施用，会影响菌的活性。
3、严禁与除草剂、杀虫剂以及杀菌剂等农药一起施用，会降低菌的活性甚至直接将有益菌杀死。
4、微生物肥料在果树种植中不仅仅能做基肥，还可以用来做追肥，效果也很棒。
