1、em菌加红糖发酵制成em菌原液后，应当尽快使用，密封存放时间最长不宜超过6个月，并且存放位置以阴凉、干燥、避光、通风良好处为宜。而如果是em菌活性液，制成后存放时间最长不宜超过3个月。
2、em菌活性液在存放过程中，因为环境温度以及保存条件等因素的影响，菌体活力会随着时间增加而逐渐降低。如果在存放过程中，观察到外观以及气味发生变化，ph上升，说明em菌活性液的品质正在下降。
3、如果是em玻卡西（em固体发酵料），可保存6个月以上，但由于水分变化等因素的因素，有时也会发生腐败变质，应当定期检查确认。
1、em菌为活体微生物，含氯消毒剂以及农药对其影响很大，会导致活性下降。因此在使用时，应当避免与消毒剂和农药同时使用，如果需要和农药等化学制剂配合使用，二者使用间隔时间应当保持在7天以上。
2、em菌使用时，应当把控好使用量以及使用浓度，避免过度使用。
3、紫外线具有杀菌作用，若将em菌暴露在紫外线下，会导致em菌大量死亡。
4、em菌以傍晚时分或者是雨后使用为宜，不宜在中午时分使用，尤其是夏季。
5、em菌应当存放在阴凉、避光处，以密封状态保存为宜。
