灵芝菌种低温斜面保藏法
试管法是利用低温来抑制菌丝生长，将斜面菌种存放在冰箱中，通常温度在4~6℃之间。然后需要时将斜面移接至新鲜斜面上，经过培养后再次放入冰箱中，这个过程可以反复进行。这是继代保藏法的一种保存方式。
在生产发酵培养基时，为了避免过多的酸产生，糖的添加量应尽量减少或不添加，而需要添加碳酸钙等缓冲剂。另外，为了保证菌类的正常生长，还需要每升培养基中添加10毫克的维生素B1，并且可以增加琼脂的使用量至2.5%。在塞棉时，要求将管子塞紧，灭菌处理后制成半高层斜面。
斜面置30℃左右下培养2~3天作空白试验，确认无菌后，接入灵芝菌种1小块，放入25℃左右稍低的温度下培养，使菌丝生长健壮丰满，菌丝长满斜面，包扎后放入4~6℃冰箱中保藏，并做好菌名、培养基、日期、存放方位等记录，以后每3~4个月转管1次。
保藏过程中，冰箱相对湿度保持在40%~50%，做到尽量少启用冰箱，以免产生冷凝水而引起污染，必须启用时应做到边开、边取、边关，力争短暂、快速。
灵芝菌种隔绝空气保藏法
常采用矿油、橡皮塞密封斜面，减少水分蒸发，防止培养基干涸，避免菌丝死亡，同时在隔绝空气和缺氧下，降低了菌丝代谢，抑制其生长繁殖，达到保藏目的。
选用化学纯液体石蜡100毫升，装入250毫升锥形瓶或盐水瓶内，加棉塞，0.103兆帕灭菌30~60分钟，然后放入160℃烘箱内烘1~2小时或40℃温箱中3天，见瓶内液体石蜡澄清透明、液层无白色膜状物，即无水分即可。然后在无菌条件下将液体石蜡倾注入试管斜面菌种上，并高出斜面顶端1厘米左右。最后直立放在洁净的室温下保藏。
转管时直接用接种刀切取1小块菌苔，移至新鲜斜面中央，28℃下培养，多余的菌种仍在原液体石蜡中保藏。因经保藏的菌丝中有石蜡，生长较慢而弱，需再继代转接1次方可使用。
注意保藏场所应干燥，防止棉塞受潮发霉；凡斜面暴露出液面，应及时补加液体石蜡。此法保藏时间可达1年以上，效果较好。
灵芝菌种液体保藏法
1、生理盐水保藏：称取医用氯化钠0.7~0.9克，放入100毫升蒸馏水中，充分搅匀，分装入试管，每管5毫升，加棉塞，灭菌。将液体培养的菌丝球或片状物，用无菌滴管吸取移入试管内，每管5个（片）左右，换上无菌橡皮塞，置室温或4~6℃冰箱内保藏。本方法可存活1.5年以上。
2、蒸馏水保藏：这是保存斜面菌种和孢子最简便的方法，可存放1年以上。操作方法是，在锥形瓶或盐水瓶内装入容量1/3左右的蒸馏水，加棉塞，灭菌、冷却后，在无菌条件下，将蒸馏水注入需保藏的新鲜斜面菌种内，加水量高出斜面顶端1~2厘米，更换上无菌橡皮塞。若保藏孢子，事先在试管内加入管长1/5~1/3的蒸馏水，加棉塞灭菌、冷却，然后将孢子铲入试管蒸馏水内，摇匀并换上无菌橡皮塞。
灵芝菌种天然基质保藏法
此法取材容易、制作简单、邮寄携带方便、效果较好，因此生产实践中常被采用。
1、木屑保藏：采用木屑麸糠培养基，分装入23厘米X200毫米粗试管内（一般试管也可用），装量约管长的2/3，加棉塞0.137兆帕保持1.5小时高压灭菌。无菌条件下接种，28℃培养，菌丝长满管后，更换无菌橡皮塞，置4~6℃冰箱中保藏。使用时挑取少许基质，移至新鲜斜面上，28℃下培养即可。
购买几根粗壮的甘草，放置于清水中进行浸胀，然后对半剖开，分别装入相应的试管中，加入0.137兆帕的棉花塞，灭菌保持1.5小时。在无菌条件下，将灵芝菌种转移到甘草切片上，在28℃下培养，当菌丝生长饱满后，继续培养一周，更换无菌橡皮塞，然后将其保存在4~6℃的冰箱中。使用时，直接从切片上取下菌丝进行转移。
